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    海南船政学校的军事指挥专业的教学目标，是使学员在毕业后能够达到初级指挥与参谋系任务的能力。

    目的是提高学员指挥水平，使学员了解战时参谋机构的建设、作用及工作程序，其中包括联军司令部与合成军司令部的参谋业务。

    该系学制为12个月，每年招生1期，约300名，其中60%为海军上尉军官，其余为海军陆战队的军官和海军军部的文职人员。学员多为从舰队的现役士兵中挑选出来，另外的30%是从民间优选招募。

    海南船政学校的初级指挥与参谋系的教学分为两大课题。

    第一大课题为战争基本要素。第二大课题为海军作战，两大课题结束，每个学员必须写一篇有关海军作战与建设方面的论文。

    另外，学校在军事指挥专业中还设立了高级指挥的班级。

    高级指挥班的教学目标是使学员进一步掌握战争规律，提高指挥作战的能力，研究与探讨在未来作战中海陆联军作战，使用海军兵力的基本原则，为海军培养高级指挥官。

    高级指挥系海战一班和二班的学制均为6个月，两个班共收学员约80名，其中一半为海军少校或中校军官，其余是海军陆战队、海军警卫队的军官以及海军军部的文职人员。

    海军高级指挥海战一班主要学习的是战术、战略与后勤问题，教学重点为海军各兵种的运用。海战二班主要学习战略问题。

    船政学校的舰艇制造班，目的是培育船舶制造和设计人才，主设有造船专业。

    开设有法语、基础数学、解析几何、微积分、物理、机械学、船体制造、蒸汽机制造等课程。特别优秀的学生毕业后，被派往英国学习深造。

    舰艇驾驶班，目的是在培养海上航行驾驶人员和海军舰长，主要专业为驾驶专业和轮机专业。

    下设英语、地理、航海天文、航海理论学等课程，学习优异者选送英国留学。
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